Entsprechend ihren föderalen und demokratischen Prinzipien ist die Europa-Union Deutschland in Anlehnung an den bundesstaatlichen Aufbau der Bundesrepublik Deutschland strukturiert.

Rund 17.000 Mitglieder sind heute in einem flächendeckenden Netz von 16 Landesverbänden und rund 350 Bezirks-, Kreis-, Orts- und Stadtverbänden organisiert. Zusätzlich gibt es den Verband Brüssel.